L'origine preferenziale della merce è così detta per i prodotti importati/esportati da/verso Paesi che godono di un trattamento preferenziale in virtù di accordi o concessioni stipulate tra gli Stati. Nel caso della Svizzera esiste un accordo stipulato con la U.E. che stabilisce che le merci provenienti da tutti gli Stati membri e dalla Svizzera godono di un regime preferenziale che comporta una riduzione tariffaria e un alleggerimento di documentazione riconosciuto reciprocamente. In questi casi non è richiesto il certificato d'origine (generalmente richiesto per le esportazioni) ma è sufficiente l'EUR 1, un certificato di circolazione rilasciato dagli uffici doganali. Ovviamente è consigliabile verificare volta per volta quale è il tipo di regime in vigore con i paesi verso i quali si esporta. Sono considerati originari i prodotti totalmente ottenuti nel Paese esportatore. I prodotti fabbricati con l'impiego di materiali importati da Paesi Terzi sono considerati originari se hanno subito una "trasformazione sufficiente". Allegata a ciascun accordo esiste una lista che elenca le condizioni che devono essere rispettate perchè la trasformazione possa essere considerata "sufficiente".